くじら島に住む少年ゴン=フリークスは、幼少期に森で巨獣に襲われている所をハンターの青年・カイトに助けられた。

ゴンはこの時、死んだと思われていた父親・ジンが生きており、優秀なハンターとして活躍していることを知る。

ハンターという職業に憧れを抱くようになったゴンは、ハンター試験の受験を希望。
ジンを快く思っていない里親・ミトの出した条件をクリアし、ハンター試験会場へと向かうべく故郷を旅立った。

ゴンはキルアと共に故郷くじら島に戻り、束の間の休息を過ごす。

ゴンの成長を見てハンターとなった彼に一定の理解を示したミトは、ゴンにジンが残していった箱を託した。

そしてゴンとキルアは、ジンを探す手がかりと思われるハンター専用のゲームソフト「グリードアイランド」（G.I）の存在を知る。